五腧穴指十二经脉在四肢肘、膝关节以下的井、荥、输、经、合穴，其分布次序是从四肢末端向肘、膝方向排列的。《灵枢·九针十二原》说：“经脉十二，络脉十五，凡二十七气，以上下，所出为井，所溜为荥，所注为俞，所行为经，所入为合，二十七气所行，皆在五输也。”这是古人用自然界的水流由小到大，由浅入深的变化，来比喻经气在经脉中运行的特点。

即井为初出之意，象水的源头，比喻脉气运行起始的部位；荥为小水流之意，象水流刚形成小流而未成大流，比喻脉气运行稍大的部位；输为灌注、输送之意，象水流由浅向较深处灌注，比喻脉气运行较盛的部位；经同径，为直行道路之意，象水在河道中畅行流过一样，比喻脉气运行通畅的部位；合为汇集之意，如江河水归入大海，比喻脉气运行汇集的部位。

原为原气之意。十二经脉在四肢腕、踝关节附近各有一个原穴，六阳经的原穴单独存在，六阴经则以五腧穴中的输穴作为原穴。《难经·六十六难》说：“脐下肾间动气者，人之生命也，十二经之根本也，故名曰原。三焦者，原气之别使也，主通行三气，经历于五脏六腑，原者，三焦之尊号也，故所止辄为原。”说明了原气来源于肾间动气，其通过三焦运行于五脏六腑，是十二经的根本，原穴就是原气流聚于四肢部位的腧穴。

五腧穴与阴阳五行的配属，早在《灵枢·本输》中就指出，六阳经井属金，荥属水，输属木，经属火，合属土；五阴经井属木，荥属火，输属土，经属金，合属水，但还缺少了手少阴心经五腧穴，其后由《针灸甲乙经》补全。《难经·六十四难》指出：“阴井木、阳井金；阴荥火、阳荥水；阴俞土，阳俞木；阴经金，阳经火；阴合水，阳合土”。这样就补全了五腧穴的阴阳五行属性.

所有五腧穴的排列顺序都是五行相生的母子关系。所有阳经五腧穴所属的五行都是克制相应的阴经五腧穴的所属五行。《难经·六十四难》解释说：“是刚柔之事也。阴井乙木，阳井庚金。阳井庚、庚者，乙之刚也；阴井乙，乙者，庚之柔也。”刚柔之事即是刚柔相济、阴阳相合的意思。五脏为柔、六腑为刚；阴经的井、荥、输、经、合各穴属阴，阳经的井、荥、输、经、合各穴属阳；阴经五腧穴所属的五行与阳经五腧穴所属的五行虽然相克，但由于刚柔相济，也可以相合。如阳井庚金，庚就是乙之刚，阴井乙木，乙就是庚之柔，因此乙与庚不是相克，而是相合。