飞针技术的刺激部位可以分为三类，即腧穴、刺激线和刺激区。这里的腧穴和传统针灸学意义中的腧穴等同，就是指脏腑经络之气输注于体表的特殊部位，从其特性又可分为经穴、经外奇穴和阿是穴。腧穴是传统针灸方法的主要刺激部位，在飞针技术中也很重要，是多种针具操作时的施术部位。刺激线是飞针技术操作时最重要的施术部位，是位于身体各部位的一些具有特定主治功效的体表线段，这种刺激部位的线性特征与飞针技术轻浅快速移动点刺的特点十分吻合，共同形成了一种完整的针刺治疗方法。飞针刺激线既继承了一些长期临床实践中发现和总结出的体表线段，又汲取了近现代微针疗法的研究成果。总的来看，这些刺激线多数是在经络理论、神经反射理论、生物全息论及脏腑器官体表投影的指导下制定出来的，与飞针技术的治病机制相符，经临床验证确有疗效。刺激区主要是指患部局部的一片体表区域，属于“阿是穴”范畴，临床可依据病变情况确定具体部位。